Природонаучниот музеј на Македонија е основан на 26 октомври 1926 година, на иницијатива на д-р Станко Караман, со задача да ја колекционира, проучува и презентира фауната на Македонија.

Патувајќи низ Македонија, д-р Караман продолжува со својата активност на колекционирање и проучување на разновиден фаунистички материјал, но веќе со идеја дека неговата работа треба да добие институционална форма. Таа негова идеја конечно се реализира есента 1926 година, со донесување на акт за формирање на Зоолошкиот музеј во Скопје како дел од тогашниот Музеј на Јужна Србија. Во октомври 1926 година д-р Караман преминал на работа во Музејот, каде што останал на чело на установата сѐ до почетокот на Втората светска војна.

Иако д-р Караман е единственото стручно лице, потпомогнато од еден препаратор и едно техничко лице, тој успева да ја збогати музејската збирка и да ги организира првите изложби. Во почетокот, во мошне скромни услови, започнува колекционирањето на фауната од Скопската Котлина. Со проучувањето на собраните материјали се поставуваат темелите на научноистражувачката дејност во областа на биолошките науки во Македонија.

Првите неколку години Музејот бил сместен во некогашното музичко училиште (просветен дом) и тоа само во две простории, недоволни за нормално работење. Тоа било причина да се побараат нови простории, поради што Музејот се преместил во зграда во Дебар Маало, каде што функционирал сѐ до 1934 година.

Поради лошите услови за работа, Музејот бил префрлен во Градскиот парк во некогашната кафеана „Кермес“, а потоа се преместува во зградата на д-р Рубен на улица „Илинденска“, каде што останува до 1941 година. Во неа, на двата ката биле уредени постојаните изложби, а на третиот се наоѓале депоата, лабораторијата и работилницата.

Во овој период се организирале првите истражувања на подземната фауна, при што се откриени многу нови видови и други таксономски категории, дотогаш непознати за науката. Како резултат на овие истражувања се откриени многу ендемски и реликтни видови.

Станко Караман како еден од најпознатите зоолози на Балканскиот Полуостров напишал над 109 научни трудови. Опишал, околу 60 нови видови, подвидови и форми на риби. Караман опишал над 100 нови видови, подвидови и форми од фамилииите на групите Amphipoda, Isopoda и Syncarida – жители на подземните води.

Неговата неуморна колекционерска дејност овозможила на многумина научни работници да опишат голем број нови видови и други систематски категории. Многу од нив го носат неговото име како вечен спомен на неговата неуморна работа. Своите трудови во најголем број ги печати во „Гласник на Скопско научно друштво“, чиј уредник бил од 1937 до 1941 година.

Идејата дека Музејот мора да има свое издание д-р Станко Караман ја реализирал во 1939 година со покренувањето на научното списание „Annales“, од кое излегле седум броеви, но случувањата за време на Втората светска војна го прекинале неговото понатамошно издавање.

Во 1941 година, со започнувањето на Втората светска војна и со заминувањето на д-р Станко Караман од Македонија, Музејот станува дел од Царскиот природонаучен музеј од Софија.

За директор бил назначен д-р Крсто Тулешков, ентомолог. Кон крајот на 1941 година, Музејот се преместува во зградата на улица „Орце Николов“ бр. 11, каде што останува до катастрофалниот земјотрес во 1963 година.

По ослободувањето на Македонија, Музејот брзо се консолидирал. За директор бил именуван биологот Петар Икономов, под чие раководство се интензивираат сите музејски дејности. Во првите неколку години во музејските простории се изведувала настава по биологија и географија за студентите на тогаш основаниот Филозофски факултет во Скопје. Дипломирањето на првата генерација биолози на Филозофскиот факултет го олеснило кадровското екипирање и дало основа за нова организациска поставеност на Музејот, преку формирањето на посебни одделенија. Во тој период се формира и музејската библиотека како важен сегмент во работата на Музејот.

Во 1952 година во Музејот се вратил д-р Станко Караман. Интензивната научноистражувачка работа која се одвивала во Музејот ја наметнала потребата од повторното активирање на издавачката дејност.

Д-р Икономов заедно со д-р Караман го иницирале излегувањето на две музејски изданија „Acta“, чиј прв број излегол во 1953 година, и „Fragmenta balcanica“ во 1954 година.

Со проширувањето на научната работа, во 1965 година започнува да излегува и едицијата „Посебно издание“, а од 1971 година и едицијата „Фауна на Македонија“.

Развојот на Музејот двапати бил сериозно нарушен: со поплавата во 1962 година, кога бил уништен драгоцен палеонтолошки материјал, и со катастрофалниот земјотрес во јули 1963 година.

За време на катастрофалниот земјотрес во 1963 година зградата претрпела тешки оштетувања, поради што во 1964 година била урната.

Биле оштетени музејските депоа, лабораториите, изложбите и работилниците. Уништени биле богати колекции од флористичко-фаунистички материјали, меѓу кои и многу типски примероци.

Во меѓувреме, Музејот добил четири бараки, од кои во три бил сместен изложбениот материјал, а во четвртата стручните одделенија и администрацијата. Во овие бараки Музејот функционирал до изградбата на денешната зграда.

Во периодот по земјотресот тогашните државни власти донесуваат нов урбанистички план, во кој е предвидена изградба на нов објект за Природонаучниот музеј. Новата локација на музејот била усвоена од страна на Советот на Природонаучниот музеј на Македонија на 16 мај 1964 година.

Изработката на проектот му била доверена на архитектот Трајко Димитров.

Изградбата на новата музејска зграда започнува во 1967 година, а завршува во 1969 година, кога Музејот и официјално започнува со работа во денешните простории.

Во наредните години главен предизвик на веќе формираниот технички и научен кадар е пополнувањето на просторот предвиден за постојаните изложби. За тие потреби интензивно се работи на колекционирање на различен музејски материјал и негова подготовка за изложување. Паралелно се работи на изработка на флористички материјал потребен за диорамите и техничко уредување на изложбениот простор.


Меѓу првите стручни кадри особен придонес имаат Трајан Петковски, Ристо Гаревски, Јонче Чинговски, Ристо Групче, Огњанка Поповка-Станковиќ и Владимир Забијакин, кои ги формирале одделенијата во Музејот и ја изработиле идејната концепција за постојаните музејски изложби во новиот Природонаучен музеј на Македонија.

Под раководство на Јован Кушевски, со практично учење на многу вештини од првиот препаратор Киро Богоевски, се усовршиле препараторите Македон Петлицаров, Ѓорѓија Ѓорѓиевски и Ѓорѓи Вулгаракис.


Препараторскиот тим, заедно со стручните лица од Музејот, започнал со реализација на првата фаза од постојаните изложби кон крајот на 1969 година. Во оваа фаза биле уредени петрографско-минералошката, палеонтолошката, ботаничката, изложбата на безрбетници и ентомолошката изложба. Како резултат на повеќегодишната интензивна работа, постојаните изложби на приземјето биле завршени и свечено отворени во октомври 1976 година, по повод 50-годишнината од постоењето и работата на Музејот.


Во јули 1981 година биле отворени изложбите на катот, посветени на 'рбетната фауна. Со нив Природонаучниот музеј на Македонија се вброил меѓу првите музејски институции во државата кои имаат реализирано свои постојани изложби.


Истата година е отворено работното место музејски педагог, денес музејски едукатор, со што Музејот ја проширува својата дејност и во областа на музејската едукација.

Денес, Музејот продолжува да ја развива својата колекционерска, научноистражувачка, изложбена, едукативна и издавачка дејност и останува посветен на проучување и зачувување на природното наследство на Македонија.