Muzeu i Historisë Natyrore i Maqedonisë u themelua më 26 tetor 1926, me iniciativën e dr. Stanko Karamanit, me detyrën për të koleksionuar, studiuar dhe prezantuar faunën e Maqedonisë.

Duke udhëtuar nëpër Maqedoni, dr. Karaman vazhdoi aktivitetin e tij të koleksionimit dhe studimit të materialeve të ndryshme faunistike, por tashmë me idenë se puna e tij duhej të merrte formë institucionale. Kjo ide e tij u realizua më në fund në vjeshtën e vitit 1926, me miratimin e aktit për themelimin e Muzeut Zoologjik në Shkup, si pjesë e Muzeut të atëhershëm të Serbisë Jugore. Në tetor të vitit 1926, dr. Karaman filloi punën në Muze, ku qëndroi në krye të institucionit deri në fillim të Luftës së Dytë Botërore.

Edhe pse dr. Karaman ishte i vetmi specialist, i ndihmuar nga një preparator dhe një punonjës teknik, ai arriti ta pasuronte koleksionin muzeor dhe të organizonte ekspozitat e para. Në fillim, në kushte mjaft modeste, nisi koleksionimi i faunës së Fushëgropës së Shkupit. Studimi i materialeve të grumbulluara hodhi themelet e veprimtarisë kërkimore-shkencore në fushën e shkencave biologjike në Maqedoni.

Gjatë viteve të para, Muzeu ishte vendosur në ish-shkollën e muzikës (Shtëpinë e Arsimit), dhe atë vetëm në dy dhoma, të pamjaftueshme për funksionim normal. Kjo ishte arsyeja për të kërkuar hapësira të reja, prandaj Muzeu u zhvendos në një ndërtesë në Debar Maallo, ku funksionoi deri në vitin 1934.

Për shkak të kushteve të këqija të punës, Muzeu u transferua në Parkun e Qytetit, në ish-restorantin „Kermes“, e më pas u zhvendos në ndërtesën e dr. Rubenit në rrugën „Ilindenska“, ku qëndroi deri në vitin 1941. Në këtë ndërtesë, në të dy katet ishin rregulluar ekspozitat e përhershme, ndërsa në katin e tretë ndodheshin depot, laboratori dhe punishtja.

Gjatë kësaj periudhe u organizuan hulumtimet e para të faunës nëntokësore, gjatë të cilave u zbuluan shumë lloje të reja dhe kategori të tjera taksonomike, të panjohura deri atëherë për shkencën. Si rezultat i këtyre hulumtimeve u zbuluan shumë lloje endemike dhe relikte.

Stanko Karaman, si një nga zoologët më të njohur të Gadishullit Ballkanik, shkroi mbi 109 punime shkencore. Ai përshkroi rreth 60 lloje, nënlloje dhe forma të reja peshqish. Karaman përshkroi mbi 100 lloje, nënlloje dhe forma të reja nga familjet e grupeve Amphipoda, Isopoda dhe Syncarida – banorë të ujërave nëntokësore.

Veprimtaria e tij e palodhshme koleksionuese u mundësoi shumë studiuesve shkencorë të përshkruanin një numër të madh llojesh të reja dhe kategorish të tjera sistematike. Shumë prej tyre mbajnë emrin e tij, si kujtim i përhershëm i punës së tij të palodhur. Punimet e tij i botoi kryesisht në „Glasnik na Skopsko Nauchno Drushtvo“ (Buletini i Shoqërisë Shkencore të Shkupit), revistë të cilën e redaktoi nga viti 1937 deri në vitin 1941.

Idenë se Muzeu duhej të kishte botimin e vet, dr. Stanko Karaman e realizoi në vitin 1939, me themelimin e revistës shkencore „Annales“, nga e cila u botuan shtatë numra. Megjithatë, ngjarjet gjatë Luftës së Dytë Botërore e ndërprenë botimin e mëtejshëm të saj.

Në vitin 1941, me fillimin e Luftës së Dytë Botërore dhe largimin e dr. Stanko Karamanit nga Maqedonia, Muzeu u bë pjesë e Muzeut Perandorak të Historisë Natyrore në Sofje.

Drejtor u emërua dr. Krsto Tuleshkov, entomolog. Në fund të vitit 1941, Muzeu u zhvendos në ndërtesën në rrugën „Orce Nikolov“ nr. 11, ku qëndroi deri në tërmetin katastrofik të vitit 1963.

Pas çlirimit të Maqedonisë, Muzeu u konsolidua shpejt. Biologu Petar Ikonomov u emërua drejtor, nën drejtimin e të cilit u intensifikuan të gjitha veprimtaritë muzeore. Gjatë viteve të para, në ambientet e muzeut zhvillohej mësimi i biologjisë dhe gjeografisë për studentët e Fakultetit Filozofik, të themeluar atëherë në Shkup. Diplomimi i gjeneratës së parë të biologëve në Fakultetin Filozofik lehtësoi plotësimin e kuadrit profesional dhe krijoi bazën për një strukturë të re organizative të Muzeut, përmes formimit të departamenteve të veçanta. Në këtë periudhë u krijua edhe biblioteka muzeore, si një segment i rëndësishëm i veprimtarisë së Muzeut.

Në vitin 1952, dr. Stanko Karaman u kthye në Muze. Puna intensive kërkimore-shkencore që zhvillohej në Muze solli nevojën për rifillimin e veprimtarisë botuese.

Dr. Ikonomov, së bashku me dr. Karamanin, iniciuan botimin e dy revistave muzeore: „Acta“, numri i parë i së cilës doli në vitin 1953, dhe „Fragmenta balcanica“, e cila u botua në vitin 1954.

Me zgjerimin e veprimtarisë shkencore, në vitin 1965 filloi të botohej edhe seria „Botime të veçanta“, ndërsa nga viti 1971 edhe seria „Fauna e Maqedonisë“.

Zhvillimi i Muzeut u ndërpre rëndë dy herë: nga përmbytja e vitit 1962, kur u shkatërrua material i çmuar paleontologjik, dhe nga tërmeti katastrofik i korrikut të vitit 1963.

Gjatë tërmetit katastrofik të vitit 1963, ndërtesa pësoi dëmtime të rënda, për shkak të të cilave u rrënua në vitin 1964.

U dëmtuan depot muzeore, laboratorët, ekspozitat dhe punishtet. U shkatërruan koleksione të pasura me materiale floristike dhe faunistike, ndër të cilat edhe shumë ekzemplarë tipikë.

Ndërkohë, Muzeu kishte marrë katër baraka, nga të cilat në tri ishte vendosur materiali ekspozues, ndërsa në të katërtën departamentet profesionale dhe administrata. Në këto baraka Muzeu funksionoi deri në ndërtimin e ndërtesës së sotme.

Në periudhën pas tërmetit, autoritetet shtetërore të asaj kohe miratuan një plan të ri urbanistik, i cili parashikonte ndërtimin e një objekti të ri për Muzeun e Historisë Natyrore. Lokacioni i ri i muzeut u miratua nga Këshilli i Muzeut të Historisë Natyrore të Maqedonisë më 16 maj 1964.

Hartimi i projektit iu besua arkitektit Trajko Dimitrov.

Ndërtimi i ndërtesës së re muzeore filloi në vitin 1967 dhe përfundoi në vitin 1969, kur Muzeu filloi zyrtarisht veprimtarinë në ambientet e sotme.

Në vitet në vijim, sfida kryesore e kuadrit teknik dhe shkencor tashmë të formuar ishte plotësimi i hapësirës së parashikuar për ekspozitat e përhershme. Për këtë qëllim, u intensifikua puna për koleksionimin e materialeve të ndryshme muzeore dhe përgatitjen e tyre për ekspozim. Paralelisht, punohej për përgatitjen e materialeve floristike të nevojshme për dioramat dhe për rregullimin teknik të hapësirës ekspozuese.


Ndër kuadrot e para profesionale, kontribut të veçantë dhanë Trajan Petkovski, Risto Garevski, Jonçe Çingovski, Risto Grupçe, Ogњanka Popovka-Stankoviq dhe Vladimir Zabijakin, të cilët formuan departamentet e Muzeut dhe hartuan konceptin ideor për ekspozitat e përhershme muzeore në Muzeun e ri të Historisë Natyrore të Maqedonisë.

Nën drejtimin e Jovan Kushevskit, dhe përmes mësimit praktik të shumë aftësive nga preparatori i parë Kiro Bogoevski, u aftësuan më tej preparatorët Makedon Petlicarov, Gjorgjia Gjorgievski dhe Gjorgji Vulgarakis.


Ekipi i preparatorëve, së bashku me specialistët e Muzeut, filloi realizimin e fazës së parë të ekspozitave të përhershme në fund të vitit 1969. Në këtë fazë u rregulluan ekspozita petrografiko-mineralogjike, paleontologjike, botanike, ekspozita e jovertebrorëve dhe ekspozita entomologjike. Si rezultat i punës intensive shumëvjeçare, ekspozitat e përhershme në katin përdhes përfunduan dhe u hapën solemnisht në tetor të vitit 1976, me rastin e 50-vjetorit të ekzistencës dhe veprimtarisë së Muzeut.


Në korrik të vitit 1981 u hapën ekspozitat në katin e parë, kushtuar faunës së vertebrorëve. Me këto ekspozita, Muzeu i Historisë Natyrore i Maqedonisë u radhit ndër institucionet e para muzeore në vend që realizuan ekspozita të përhershme të tyre.


Po atë vit u hap vendi i punës së pedagogut muzeor, sot edukator muzeor, me çka Muzeu e zgjeroi veprimtarinë e tij edhe në fushën e edukimit muzeor.

Sot, Muzeu vazhdon të zhvillojë veprimtarinë e tij koleksionuese, kërkimore-shkencore, ekspozuese, edukative dhe botuese, duke mbetur i përkushtuar ndaj studimit dhe ruajtjes së trashëgimisë natyrore të Maqedonisë.