Gjatë viteve të kaluara, bashkëpunimi i specialistëve të muzeut me një numër të madh koleksionistësh dhe dashamirësish të natyrës ka qenë i dukshëm.

Përmes donacioneve, Muzeu ka në pronësi koleksione dhe ekzemplarë nga gjea, flora dhe fauna, të cilët kanë vlerë të madhe shkencore. Janë dhuruar koleksionet e mëposhtme:
 

• Koleksioni i Ephemeroptera dhe Plecoptera nga Prof. Dr. P. Ikonomov;
• Koleksioni i jovertebrorëve nga Slave Hadžishçe
• Koleksioni i fluturave ditore (Rhopalocera) nga Maqedonia, nga Dr. Slavoljub Jakonov dhe Pançe Mashkovski
• Ekzemplarë të ferikoranaditit nga Prof. Dr. Simeon Jançev

Këto koleksione janë marrë nga pronarët e tyre dhe dëshmojnë për diversitetin në një periudhë të caktuar kohore.