НУ Природонаучен музеј на Р. С. Македонија во рамките на својата дејност, поседува и специјализирана библиотека која врши сложени задачи во процесите на набавка, стручна обработка, обезбедување пристап, чување, заштита и дигитализација на библиотечната граѓа и библиотечните добра.

Специјализираната библиотека располага со богат книжен фонд (книги, периодични списанија и сл.) од областа на биологија, геологија и палеонтологија, со што допринесува за унапредување на стручната и научно-истражувачката работа на стручниот кадар на музејот.

Библиотеката како резултат на размената со изданијата што ги издава Музејот (Annales Musei Serbiae Meridionales, Acta Musei Macedonici Scientiarum Naturalium, Fragmenta Balcanica, Посебно издание, Фауна на Македонија и Јубилеен зборник) сега, како и во минатото, се добиваат голем број на наслови, особено сериски публикации, а размената се врши со 419 институции од земјава и странство. Поголемиот дел од годишниот прилив на книги, публикации и списанија во библиотеката се добиваат по пат на размена и подарок.

Во 2019 година по спроведената ревизија на библиотечниот фонд, библиотеката располагаше со 64.960 библиотечни единици, од кои 3215 наслови на монографски публикации и 1190 наслови на периодични публикации.