Ornitofauna në vendin tonë është studiuar nga një numër i vogël ornitologësh, individualisht dhe në periudha të ndryshme kohore. Qendrat më të rëndësishme të diversitetit të ornitofaunës janë: tre liqenet natyrore – për shpendët ujorë, kanionet e lumenjve – për shpendët grabitqarë, si dhe masivet malore për kompleksin e llojeve boreale dhe arktiko-alpine.
Në kuadër të Departamentit të Ornitologjisë studiohen shpendët, shpërndarja e tyre gjeografike, karakteristikat fizike, marrëdhëniet me ekosistemet ku bëjnë pjesë, evolucioni i tyre dhe aspekte të tjera. Sipas njohurive të deritanishme, në vendin tonë gjenden rreth 335 lloje shpendësh, që përfaqësojnë 64% të numrit të përgjithshëm të llojeve të regjistruara në Evropë. Muzeu disponon një koleksion relativisht të madh shpendësh (1989 ekzemplarë nga 262 lloje), të koleksionuar nga dr. Stanko Karaman (të koleksionuar gjatë periudhës 1925–1953, të paktën 424 ekzemplarë), Kiro Bogoevski (të paktën 649 ekzemplarë, gjatë periudhës 1937–1980), dr. Risto Grupçe (të paktën 95 ekzemplarë), dr. Svetozar Petkovski (të paktën 74 ekzemplarë), Makedon Petliçarov (18 ekzemplarë), Gjorgjia Gjorgjevski (26 ekzemplarë) dhe Todor Ivanovski (159 ekzemplarë). Ekziston gjithashtu një numër më i vogël i llojeve të shpendëve të dhuruara nga persona fizikë.
Në ekspozitën e përhershme të muzeut janë paraqitur 253 lloje shpendësh me mbi 459 eksponate të preparuara, të renditura sipas përkatësisë sistematike dhe në habitatet e tyre natyrore.