Në kuadër të koleksioneve muzeale të Muzeut të Shkencave të Natyrës të R. së Maqedonisë së Veriut gjendet një koleksion i pasur i jovertebrorëve, i krijuar përmes punës shumëvjeçare koleksionuese dhe shkencore-hulumtuese të Departamentit të Jovertebrorëve.
Studimi i faunës së jovertebrorëve fillon që nga themelimi i Muzeut, si rezultat i hulumtimeve të ujërave nëntokësore në R. së Maqedonisë së Veriut nga ana e Dr. Stanko Karamanit. Në vitet që pasojnë, depoja muzeale pasurohet me ekzemplarë nga disa grupe të jovertebrorëve: sfungjerë, krimba unazorë, krustace, artropodë araknide, kërmij dhe guaska, ndër të cilët gjenden edhe disa lloje relikte dhe endemike. Përveç kësaj, formohet edhe koleksioni i përfaqësuesve të faunës detare të jovertebrorëve. Gjatë viteve 1996/1997, Muzeu merr nga Instituti Hidrobiologjik i Ohrit koleksionin shkencor të Dr. Slave Hadžishçe, i cili përbën dëshmi për përbërjen e faunës së Liqenit të Ohrit.
Sot, koleksioni muzeor i jovertebrorëve përbëhet nga më shumë se 50 000 ekzemplarë, të cilët i përkasin koleksioneve të mëposhtme:
- Koleksioni i sfungjerëve të ujërave të ëmbla
- Koleksioni i krimbave
- Koleksioni i kërmijve
- Koleksioni i guaskave të ujërave të ëmbla
- Koleksioni i artropodëve araknide
- Koleksioni i krustaceve
- Koleksioni i jovertebrorëve detarë