IN Muzeu i Shkencave të Natyrës i R. së Maqedonisë së Veriut, në kuadër të veprimtarisë së tij, posedon edhe një bibliotekë të specializuar, e cila kryen detyra komplekse në proceset e furnizimit, përpunimit profesional, sigurimit të qasjes, ruajtjes, mbrojtjes dhe digjitalizimit të materialit bibliotekar dhe të mirave bibliotekare.
Biblioteka e specializuar disponon një fond të pasur librash (libra, revista periodike etj.) nga fushat e biologjisë, gjeologjisë dhe paleontologjisë, duke kontribuar kështu në avancimin e punës profesionale dhe shkencore-hulumtuese të kuadrit profesional të muzeut.
Si rezultat i shkëmbimit të botimeve që i publikon Muzeu (Annales Musei Serbiae Meridionales, Acta Musei Macedonici Scientiarum Naturalium, Fragmenta Balcanica, Botim i veçantë, Fauna e Maqedonisë dhe Përmbledhje jubilare), biblioteka, si në të kaluarën ashtu edhe sot, pranon një numër të madh titujsh, veçanërisht publikime serike, ndërsa shkëmbimi bëhet me 419 institucione nga vendi dhe jashtë tij. Pjesa më e madhe e prurjeve vjetore të librave, publikimeve dhe revistave në bibliotekë sigurohen përmes shkëmbimit dhe dhurimit.
Në vitin 2019, pas realizimit të revizionit të fondit bibliotekar, biblioteka dispononte 64.960 njësi bibliotekare, nga të cilat 3215 tituj të publikimeve monografike dhe 1190 tituj të publikimeve periodike.