Departamenti i Botanikës, si departament i veçantë, është themeluar në vitin 1959 dhe në fillim aktivitetin e tij e orienton drejt koleksionimit të materialit floristik nga përfaqësuesit e dendroflorës, myshqeve dhe bimëve kënetore, ndërsa më vonë edhe drejt grupeve të tjera të bimëve.
Fillimet e para datojnë nga viti 1957, me punësimin e Vladimir Zabijakinit, i cili i filloi i pari proceset e rinovimit dhe zhvillimit të departamentit të botanikës, në kuadër të departamenteve të tjera të muzeut. Vendi ynë karakterizohet nga një pasuri e madhe floristike, në të cilën dominojnë bimët e larta. Grupi më i përhapur i tyre janë bimët me lule (angiospermet), të ndjekura nga myshqet dhe fiernat.
Sot, ekspozita botanike është paraqitur sipas rendit sistematik, përmes zgjidhjeve të veçanta teknike, ku prezantohet një pjesë e pasurisë së florës maqedonase. Në vitin 2010, ekspozita botanike është rikonstruktuar dhe janë ekspozuar rreth 200 lloje bimësh të herbariuara, të plotësuara me fotografi dhe postera edukativë.
Puna shkencore-hulumtuese në departament është e orientuar drejt studimeve taksonomike dhe citotaksonomike të bimëve endemike, relikte dhe të rralla, si dhe drejt studimit taksonomiko-korologjik të gjinive të caktuara: Campanula, Orobanche, Scabiosa, Allium dhe të tjera. Si rezultat i punës së vazhdueshme, në depon e departamentit të botanikës gjenden mbi 34.000 fletë herbariumi me ekzemplarë të bimëve të larta, ndërsa herbariumi muzeal është regjistruar në Index Herbariorum, Kopshti Botanik i Nju Jorkut, me kodin e herbariumit (Herbarium Code) HMMNH.